La storia dei primi anni della Prepositurale SS. Pietro e Paolo è avara di informazioni.
La prima certezza della sua esistenza si trova nella Bolla Pontificia “Quotienes illud a nobis petitur” di papa Alessandro III del 1169, da cui si evince che la chiesa era dedicata inizialmente a Santa Maria ed apparteneva alla pieve di Nerviano.

Nel 500 San Carlo Borromeo intervenne ordinando la dedicazione della chiesa a San Pietro, a cui solo successivamente si aggiunse San Paolo.

La chiesa era originariamente molto semplice e spoglia, ed iniziò ad abbellirsi con le cappelle del S. Rosario (1588) e di San Rocco (1576)

Dal 1620 al 1740 la chiesa si arricchisce del presbiterio, della cappella di San Carlo (1625), della SS. Trinità (antecedente al 1692), Sacre Reliquie (1740), San Gerolamo (1669) e realizza altre non indifferenti modifiche.

Nel 1721 il Card. Arcivescovo Benedetto Odescalchi ottiene il consenso da papa Benedetto XIII a erigere una prevostura in Saronno, autorizzando così i prevosti di Saronno a vestire la Capa Magna di lana nera, con fodera di seta rossa, pari a quella dei prevosti della città di Milano e di portare la ferula. Si narra che il primo prevosto di Saronno, Bartolomeo Calastro, avesse una ferula fregiata con un pomo semidoppio, e che questo simbolo venne tramandato ai suoi successori fino al 1948, quando venne rubato.

Nel 1896, con don Andrea Guidali, si iniziarono i lavori di ampliamento della chiesa, che terminarono nel 1904 con la solenne consacrazione da parte del Card. Ferrari il 22 ottobre.

Il Papa Pio XI, nato a Desio ma figlio di una donna saronnese, diede alla Chiesa il titolo di “aggregata alla Basilica Vaticana” ed al Prevosto il titolo di Monsignore.

 Ulteriori abbellimenti furono intrapresi nel 1926 da monsignor Croci e si conclusero nel 1936: a questo intervento lavorarono i pittori Giuseppe Ravanelli (battistero, affreschi e vetrate degli altari della Madonna e del Crocefisso, cupola) e Pasetti da Arcisate (le figure dei Santi e le corrispondenti vetrate con gli affreschi che sono a lato delle vetrate nelle cappelle), mentre la vetrata che raffigura la consegna delle chiavi a San Pietro è opera del pittore Alessandro Carugati.

I dipinti più antichi tuttora visibili sono quelli che si trovano nella controfacciata e che rappresentano l’Eterno Padre, attribuito a Gaudenzio Ferrari e le tele di S. Ambrogio (attribuita al Legnanino) e di S. Carlo.

La statua dell’Immacolata, che era in S. Francesco, è del sec. XVIII, così come il venerato Crocefisso.
La facciata è un tipico organismo architettonico ispirato ai modelli classici del passato; viene da un’idea dell’arch. Galliori e fu realizzata dall’ing. Cantù.

Più recente è la sistemazione del muovo altare, secondo le norme liturgiche, che è stata fatta da Mons. Ugo Ronchi. Fu il Card. Giovanni Colombo a consacrarlo il 18 marzo 1979.

Da ultimo la sistemazione del coro. Quando fu soppresso il Convento di S. Francesco, furono portati in Prepositurale la statua dell’Immacolata e il coro, che ha trovato posto nell’abside fino al 1992, quando è stato riportato al suo posto originario e sostituito da un nuovo coro.